درسال 1358 لایحه قانون تشکیل سازمان حج و زیارت وابسته به وزارت ارشاد ملی و انتزاع کلیه امور آن از سازمان اوقاف در تاریخ 1358/10/18 به تصویب شورای انقلاب جمهوری اسلامی ایران رسید .
در پی مصوبه فوق بنا به پیشنهاد وزارت ارشاد ملی ، آئین نامه نحوه انتخاب و حدود وظایف و اختیارات ارکان اصلی سازمان حج در تاریخ 1359/02/17 به تصویب رسید.
در تاریخ 1359/03/14 ساختار تشکیلاتی سازمان حج بر اساس آئین نامه فوق تهیه و به همراه اهداف و مجموعه وظایف به امضاء وزیر ارشاد ملی و دبیرکل سازمان امور اداری و استخدامی وقت رسانده شد. در سال 1361 ساختار سازمان مورد تجدید و بازنگری قرار گرفت.
این سازمان تا سال 1363 دارای فعالیت مستقل و تابع وزارت ارشاد ملی بود. در این سال مجلس شورای اسلامی قانون تشکیلات و اختیارات سازمان حج و اوقاف و امور خیریه را که به تائید شورای نگهبان نیز رسیده بود، طی نامه ای، به ریاست جمهور محترم وقت اعلام نمود که حاوی قانون ادغام سازمان حج و اوقاف بود، ابلاغ شد.
در آبان سال 1364 و مرداد 1365 ساختار تشکیلاتی سازمان حج و اوقاف و امور خیریه مورد تجدید نظر و اصلاح قرار گرفت که در فروردین سال 1366 برای واحدهای استان و شهرستان ابلاغ شد.
در سال 1370 در اجرای اوامر مقام معظم رهبری در خصوص کیفیت اداره امور حج و زیارت، شورای عالی اداری طی مصوبه ای سازمان حج و زیارت را سازمانی مستقل و جدا از اوقاف شناخت که زیر نظر وزیر فرهنگ و ارشاد اسلامی اداره می گردد.
در سال 1375 با توجه به سیاست های دولت محترم مبتنی بر واگذاری امور به بخش خصوصی و کاهش تصدی های دولتی ، تشکیلات جدید سازمان حج و زیارت با کاهش تعداد پست ها به تصویب رسید و ابلاغ شد.
در نهایت در تاریخ 1384/03/24 شورای عالی اداری در تصویب نامه شماره 127 خود شرح وظایف سازمان حج و زیارت را تصویب نمود .